因为金鱼后代的变异较大，孵出的鱼苗中有很多是单尾的，也有不少是品种特征不够典型的，这些较差的鱼苗都要淘汰掉，这就需要对鱼苗进行挑选。挑选要抓住一个“早”字，就是在能分辨的情况下，及早将较差的金鱼剔除出池，以减少养鱼的密度，为使较好的金鱼快速生长，通常的做法如下：
1．当小金鱼孵出15天左右，长到1.5厘米时，结合换水，进行第1次挑选。这次挑选的目的，是将单尾的金鱼剔除淘汰掉。挑选时，可用白汤匙将单尾金鱼舀出。
2．当金鱼孵出1个月左右，全长达到2厘米左右时，它的鱼鳍已发育得十分明显，可进行第2次挑选。把单尾、偏尾、背鳍残缺不全的小金鱼剔除，保留下来的应全部是四尾的金鱼。
3．当金鱼长到2月龄时，全身各部分发育已基本定型，应开始第3次挑选，将品种特征发育不明显的全部淘汰掉。如绒球鱼球小、不对称的；虎头、狮子头品种，头部发尖的；龙睛鱼的眼不突出、不对称的；水泡鱼的水泡大小不一致的；望天鱼不望天的；有背鳍的鱼背鳍低矮不全的；珍珠鱼鳞片不外凸的；蛋种鱼背脊不平或有异物的；蝶尾鱼尾巴小而不能充分展开的等等，全部都要淘汰。留下的均为体形端正、四开尾、优良性状明显的幼鱼。对留下来的幼鱼要精心喂养。
4．当幼鱼达到4月龄时，色彩已经定型，体形也发育良好，这时还可以进行第4次筛选。要淘汰单色鱼中色彩不鲜艳、不纯的，或者还尚未脱色的，五花鱼要淘汰粗花及花色比较单一的。对体形保持不好的也应该全部淘汰。保留下来的，应该是体态好、色泽鲜艳的金鱼。五花鱼应是蓝色底，细碎花遍及全身的个体；鹅头红或鹤顶红的红色应正置于头部上方，全身无杂色的。待重点培养到秋末、冬初时，对性状不稳定的金鱼，如单色鱼又开始脱色，鹅头红或是鹤顶红身上出现了杂色，肚皮下出现了黄斑或红斑的，则继续进行淘汰。总之，勤挑选、勤淘汰，要下决心去掉不纯正的金鱼，才能保留优质的金鱼。